In molti interventi pubblici i portavoce della chiesa di Scientology affermano di sostenere a livello mondiale la libertà religiosa e la lotta alla discriminazione, e di essere essi stessi vittime di questi abusi. Al contrario le "scritture" dell'organizzazione sembrano smentire una tale affermazione.
 
Nel Flag ED [Direttiva Esecutiva di Flag] N. 2830 RB del 25 Luglio 1992 [vedi qui per l'originale - contiene i nominativi di diversi italiani], si invita ogni Org ["chiesa"] ad «assicurarsi che queste persone, o membri di questi gruppi, non siano sulle linee [gergo per dire "in contatto"] o collegati in alcun modo con la vostra Org o missione.» 

Ciò significa che i membri dei gruppi elencati non possono ricevere l’"assistenza pastorale" di Scientology. Questo non solo rende vano il loro sostegno alla libertà religiosa, ma anche l'affermazione propagandistica spesso ripetuta che Scientology sia compatibile con ogni altra religione.

«Elenco di Persone e Gruppi Soppressivi»: ecco le chiese con cui Scientology è incompatibile, per sua stessa ammissione, e ai cui membri viene negato l'accesso alle Org o alle Missioni di Scientology, operando di fatto una discriminazione religiosa:
 

Catholic Apostolic Church Monastery
Church for All Faiths
Church for Personal Achievement
Church for Spiritual Advancement
Church for Unity
Church of Ability
Church of Cosmology, Ontology, Metaphysics
Church of Eductivism
Church of Human Evaluation
Church of Human Potential
Church of Jesus Christ in Zion
Church of Many Mansions
Church of New Life
Church of Nutritional Science
Church of Sciologos
Church of Seven Arrows
Church of Spiritual Arts
Church of Spiritual Awareness
Church of Spiritual Enlightenment
Church of Spiritual Freedom
Church of the Awakening
Church of the Divine Man
Church of the Divine Wisdom
Church of the Final Judgment
Church of the New Civilization
Church of the New Clear Universe
Church of Truth
Church of Universal Religions, Incorporated
Church of Universal Truth
Foundation Church of the Millenium, the
Process Church
Process Church of the Final Judgment
Reformed Church of San Diego
Reform Church of Scientology
Universal Church of Eternal Phetan

    Inoltre, nonostante non si tratti esattamente di religioni, le seguenti associazioni buddiste, hindu, sikh o di meditazione sono altresì incompatibili con Scientology (sull'elenco originale potrebbero essere più numerose, queste sono solo quelle che conosco):     Anubnava School of Enlightenment
Christian Spiritual Alliance
Eckankar
Fellowship of Clear Light
I Am
Kripalu School of Sahaj Yog
Sahaj Yog
Sanatana Dharma Foundation
Self-realization Fellowship (SRF)
Shakti
Shakti-pat
Thee and the Light Center
Wisdom School
    Che Scientology sostenga di "battersi per la libertà religiosa" è un'affermazione curiosa. In merito Giuseppe Ferrari, segretario nazionale del GRIS, in un'intervista al quotidiano Avvenire (1-12-98) ha dichiarato: «bisognerebbe verificare se si rivendica soltanto la propria libertà per poi calpestare quella degli altri»

Per essere tolleranti, difatti, occorre per prima cosa riconoscere la dignità dell'interlocutore. Al contrario, L. Ron Hubbard ha dimostrato di non saper accettare la critica, per quanto legittima, indirizzata alla sua organizzazione: la dottrina di Scientology chiama "persona soppressiva" (sinonimo di malato di mente, sporco, criminale) chiunque metta in dubbio la validità dei suoi ritrovati o non approvi i metodi del gruppo. «Non si trovano persone critiche verso Scientology che non abbiano un passato criminale», insegna il fondatore, «più e più volte ne abbiamo avuto la prova» (HCOB del 27 Agosto 1987, originariamente pubblicato come articolo in Ability 199, nel 1967, citato in Mario Di Fiorino, L’illusione comunitaria, Moretti e Vitali, Bergamo, 1998, p.102).

Una simile prospettiva non incoraggia certo la "libertà religiosa" di cui alla propaganda di Scientology, concetto che presuppone il rispetto del prossimo - a meno che non si tratti di uno slogan privo di sostanza ad uso e consumo individuale. Essere riconosciuti come religione comporta sgravi fiscali e agevolazioni, garantendo una certa impunità: per Scientology può voler dire evitare «240 milioni di multa per aver evaso tributi per 410 milioni» (Niente tasse per Scientology, di Cinzia Sasso, articolo su La Repubblica, 15 Ottobre 1998).

Per approfondire la tematica della pretesa compatibilità di Scientology con ogni altra religione, si veda Hubbard, la croce di Scientology e Aleister Crowley.